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## Formats de fichiers supportés

Convertir un fichier peut être réalisé de façon très simple avec Atomsk. Exécutez le programme avec le nom du fichier à convertir, et le format du fichier de sortie :

`atomsk <fichier> <format>`

Les formats de fichiers supportés par Atomsk apparaissent dans le tableau ci-dessous. Pour faire simple, Atomsk peut convertir de n'importe quel dans la colonne "Lecture" vers n'importe quel dans la colonne "Écriture". Cliquez sur un lien dans la première colonne pour de plus amples informations sur le format de fichier, comment Atomsk traite ce format, les restrictions possibles, et des exemples de commandes pour convertir vers ou depuis ce format. Il est recommandé de lire ces pages attentivement.

Format ou extension (Code) | Lecture | Écriture
--- | --- | ---
Logiciels de visualisation
cfg (AtomEye) | [all] | [all]
dd (ddplot) |  | (mode ddplot seulement)
vesta (VESTA) | [occ,f] | [occ,f]
xsf (XCrySDen) | [f] | [f]
Codes de calcul ab initio
ABINIT | [type] | [type]
COORAT (MBPP) |  |
CRYSTAL |  |
POSCAR (VASP) | [fix] | [fix]
OUTCAR (VASP) | [f] (mode one-in-all seulement) |
PW (format d'entrée Quantum Espresso) | [f,fix] | [f,fix]
out (format de sortie Quantum Espresso) | (mode one-in-all seulement) |
fdf (SIESTA) | [type] | [type]
xv (SIESTA) | [v] | [v]
Codes de simulations atomistiques
bop (BOP) | [fix] | [fix]
bx (BOPfox) | [fix, µ] | [fix, µ]
CONFIG (DL_POLY) | [f,v] | [f,v]
gin (GULP) | [fix,occ,q,bsrad,v] | [fix,occ,q,bsrad,v]
imd (IMD) | [type,v] | [type,v]
lmc (format personnalisé LAMMPS) | [all] |
lmp (format de données LAMMPS) | [type,v] | [f,q,type,v]
mol (MOLDY) |  |
xmd (XMD) | [type,v] | [type,v]
Logiciels de simulation d'image de microscopie électronique
cel (Dr Probe) | [occ,Tvib] | [occ,Tvib]
cfg (QSTEM) | [all] | [all]
jems (JEMS) | [occ,Tvib,abs] | [occ,Tvib,abs]
Autres formats
atsk (format binaire d'Atomsk) | [all] | [all]
cif (fichier d'information cristallographique) | [q,occ,Tvib] | [q,occ,Tvib]
csv (Comma-Separated Values) |  | [all]
dat (columns of data) |  | [all]
pdb (Protein Data Bank) | [q,occ] | [q,occ]
str (fichier de structure PDFFIT) | [occ,Tvib] | [occ,Tvib]
xyz/exyz/sxyz (format multi-usages) | [all] | [all]

Pour chaque format, les colonnes Lecture et Écriture indiquent également [entre crochets] les propriétés auxiliaires qui, si elles existent, peuvent être lues ou écrites par Atomsk :

- [all] signifie que toutes les propriétés auxiliaires seront lues (ou écrites) peu importe leur nom ou leur nombre ;
- [abs] indique les coefficients d'absorption;
- [bsrad] signifie le rayon de respiration des coquilles (dans le cadre d'un potentiel ionique cœur-coquille) ;
- [f] indique les forces (fx,fy,fz) ;
- [fix] indique les coordonnées fixées des atomes (fixx, fixy, fixz) ;
- [occ] indique les taux d'occupation des sites ;
- [q] indique les charges électriques des ions (et coquilles) ;
- [Tvib] indique les paramètres de vibration thermique (Debye-Waller) ;
- [type] indique les "types" d'atomes ;
- [v] indique les vitesses des atomes (vx,vy,vz);

Lorsque rien n'est spécifié entre crochets cela signifie qu'aucune propriété n'est lue (ou écrite) dans ce format. Notez que les propriétés auxiliaires ne sont pas toutes transférables d'un format de fichier à un autre, certaines proriétés peuvent donc être perdues lors d'une conversion. Par exemple si les charges des atomes, leurs forces et leurs vitesses sont lues depuis un fichier LMC, lors d'une conversion vers le format CFG ces propriétés seront toutes écrites, mais lors de la conversion vers le format XSF seules les forces sur les atomes seront écrites.

Si le fichier de sortie est "NULL" alors aucun fichier n'est écrit. Si le fichier de sortie est "-" alors les données sont envoyées vers la sortie standard (stdout, qui est généralement l'écran) au lieu d'un fichier, et la verbosité est mise à zéro (aucun autre message n'est affiché à l'écran, à l'exception des messages d'alerte et des erreurs).

Certains modes et certaines options peuvent créer de nouvelles propriétés auxiliaires ou modifier des propriétés existantes. Veuillez vous référer aux pages de documentation idoines pour plus d'information. Pour supprimer des propriétés auxiliaires il est possible d'utiliser l'option `-rmprop`.

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