# Atomsk

Atom/Molecule/Material Software Kit - https://atomsk.univ-lille.fr/

© Pierre Hirel 2010 - Version master

## Contenu :

1. Licence - À lire en premier !
2. Aperçu - Démarrage rapide
3. Exemples
4. Compilation et installation
5. Formats de fichiers supportés
6. Options
   - add-atom - Insérer un ou plusieurs nouveaux atomes
   - add-shells - Créer des coquilles pour certains atomes
   - alignx - Aligner le premier vecteur de boîte avec l'axe X
   - bind-shells - Re-associer les coquilles avec leur cœur
   - cell - Modifier les vecteurs de boîte
   - center - Translater le système au centre de la boîte
   - crack - Insérer une fissure dans le système
   - cut - Supprimer une partie du système
   - deform - Appliquer une déformation uniaxiale ou un cisaillement simple
   - dislocation - Insérer une dislocation dans le système
   - disturb - Perturber les positions des atomes aléatoirement
   - duplicate - Dupliquer le système, construire des super-cellules
   - freeze - Figer les coordonnées de certains atomes
   - fractional - Convertir en coordonnées réduites
   - mirror - Appliquer une transformation miroir
   - options - Appliquer les options écrites dans un fichier
   - orient - Changer l'orientation crystallographique
   - orthogonal-cell - Trouver une boîte orthogonale équivalente
   - properties - Définir des propriétés du système
   - rebox - Tente de déterminer les vecteur de boîte
   - reduce-cell - Essaye de réduire la taille du système
   - remove-atom - Supprimer un ou plusieurs atomes
   - remove-doubles - Supprimer les atomes en double
   - remove-property - Supprimer une ou plusieurs propriétés auxiliaires
   - remove-shells - Supprimer les coquilles sur certains ions
   - roll - Plier ou enrouler le système autour d'un axe
   - rotate - Tourner le système autour d'un axe
   - round-off - Arrondir les coordonnées ou une propriété auxiliaire
   - select - Sélectionner les atomes à l'intérieur ou à l'extérieur d'une région
   - separate - Sépare les atomes qui sont trop proches
   - shift - Translater une partie du système
   - sort - Changer l'ordre dans lequel les atomes sont rangés
   - spacegroup - Appliquer les symétries d'un groupe d'espace
   - stress - Appliquer une contrainte au système
   - substitute - Remplacer des atomes par d'autres atomes
   - swap - Échanger deux atomes, deux axes, ou deux propriétés
   - torsion - Appliquer une torsion le long d'un axe
   - unit - Changer de système d'unités
   - unskew - Réduire le cisaillement de la boîte
   - velocity - Générer une distribution de vitesses de Maxwell-Boltzmann
   - wrap - Remballer les atomes dans la boîte
7. Modes (cliquez pour en voir davantage)
   - Average - Moyenner les positions atomiques de plusieurs configurations
   - Copy-Properties - Copier les propriétés d'un systèem à un autre
   - Create - Créer un système à partir de rien
   - ddplot - Créer un fichier pour visualisation avec le programme ddplot
   - Gather - Rassembler plusieurs fichiers vers un seul contenant toutes les configurations
   - Liste - Convertir tous les fichiers d'une liste
   - Help - Afficher l'aide
   - Interactive - Manipuler des systèmes interactivement ou avec des scripts
   - Interpolate - Interpoler les positions des atomes entre deux configurations
   - Match-ID - Trouver des atomes équivalents entre deux systèmes
   - Merge - Joindre deux ou plusieurs systèmes en un seul
   - Normal - Convertir un fichier vers un ou plusieurs formats
   - Polycrystal - Créer un polycristal avec la méthode de Voronoi
   - Unfold - Décomposer un fichier contenant plusieurs systèmes vers plusieurs fichiers
   - Unwrap - Déballer les coordonnées atomiques
8. Comportement du programme
   - ignore - Toujours ignorer les fichiers existants
   - language - Définir la langue des messages
   - logfile - Définir le nom du fichier journal
   - nthreads - Définir le nombre de processus parallèles OpenMP
   - overwrite - Toujours écraser les fichiers existants
   - verbosity - Définir le niveau de verbosité
9. Outils
10. Remerciements
11. FAQ - Questions fréquentes
12. Informations pour les développeurs
13. Contact
14. Autres programmes utiles