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## Option : deform

#### Syntaxe

`-deform <x|y|z|xy|xz|yz|yx|zx|zy> <ε> <ν>`

#### Description

Cette option permet de déformer un système (boîte et atomes), en appliquant une tension ou compression uniaxiale, ou un cisaillement.

L'utilisateur doit fournir la composante à déformer, la valeur de la déformation, et si besoin, le coefficient de Poisson du matériau. Le programme déforme alors le système dans la direction donnée, en appliquant le coefficient de Poisson dans les autres directions. Les paramètres associés à cette option sont :

- composante : composante de la boîte qui sera déformée. 'X', 'Y', ou 'Z' applique une déformation uniaxiale suivant la direction donnée. Les autres composantes appliquent un cisaillement. 'xy' fait référence à la composante H(2,1), c'est-à-dire la composante X du second vecteur de boîte ; 'yz' correspond à H(3,2), c'est-à-dire la composante Y du troisième vecteur de boîte, et ainsi de suite.
- ε : valeur de la déformation (le symbole % peut être utilisé pour donner un pourcentage). Pour une déformation uniaxiale, une valeur positive provoquera une tension, une valeur négative une compression.
- ν (optionel) : coefficient de Poisson du matériau (possible seulement pour une déformation uniaxiale, c'est-à-dire si la composante était 'x', 'y', ou 'z').

Si la composante est 'x', 'y' ou 'z', la transformation résultera en une déformation uniaxiale. Si une valeur du coefficient de Poisson est donnée, alors les autres directions seront déformées en conséquence, ce qui devrait résulter en une contrainte uniaxiale, c'est-à-dire que la contrainte sera non-nulle uniquement suivant la direction donnée.Pour appliquer la même déformation dans toutes les directions, alors entrez une valeur de -1 au coefficient de Poisson. Cela peut être utile, par exemple, pour déformer un système conformément à son coefficient d'expansion thermique α, auquel cas il faut utiliser ε=αT, où T est la température à atteindre. Pour appliquer une déformation anisotrope, il est possible d'utiliser cette option trois fois de suite suivant les trois axes cartésiens, en utilisant ν=0 et différentes valeurs de ε (voir l'exemple 3 ci-dessous).

Si la composante est 'xy', 'xz', 'yz', 'yx', 'zx', ou 'zy', alors la transformation résultera en un cisaillement simple du système. Dans ce cas il n'est pas possible de spécifier un coefficient de Poisson. Si au lieu d'une valeur numérique, <ε> est remplacé par le mot-clé "untilt", alors la composante d'inclinaison correspondante deviendra nulle.

Si une sélection est définie (avec l'option `-select`) alors seuls la déformation ne s'appliquera qu'aux atomes sélectionnés, et la boîte ne sera pas déformée.

Pour appliquer une contrainte, référez-vous à l'option `-stress`.

#### Défaut

Par défaut le système n'est pas déformé.

#### Exemples

- `atomsk initial.cfg -deform x 0.06 final.xyz`

  Ceci allongera le système `initial.cfg` de ε=6% suivant X ; ceci est équivalent à une déformation uniaxiale. Le résultat sera écrit dans `final.xyz`.

- `atomsk initial.cfg -deform x 0.06 0.3 final.xyz`

  Ceci allongera le système `initial.cfg` de ε=6% suivant X, avec un coefficient de Poisson de 0.3 ; ceci est équivalent à une contrainte uniaxiale. Le résultat sera écrit dans `final.xyz`.

- `atomsk initial.cfg -def y 2.5% 0.0 final.xyz`

  Ceci appliquera une déformation uniaxiale (parce que le coefficient de Poisson vaut 0) de 2.5% suivant Y.

- `atomsk initial.cfg -def x 1% 0 -def y -0.76% 0 -def z -0.73% 0 final.xyz`

  Cet exemple utilise l'option "-deform" trois fois pour appliquer des déformations différentes suivant chaque axe cartésien (le coefficient de Poisson vaut toujours zéro). Ceci est équivalent à une déformation anisotropique.

- `atomsk initial.cfg -def x 0.003 -1 final.xyz`

  Ceci appliquera une tension de 0.3% dans toutes les directions, mimant l'effet d'un coefficient d'expansion thermique α=10-5 K-1 à une température T=300 K.

- `atomsk initial.cfg -def yx 3% final.xyz`

  Ceci va incliner le deuxième vecteur de boîte de 3% suivant X, résultant en un cisaillement.

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