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## Autres codes

`Atomsk` n'est pas seul ! Beaucoup d'autres outils sont disponibles. Ci-dessous se trouve une liste d'autres programmes qui permettent de créer, transformer, visualiser, et/ou convertir des fichiers de positions atomiques.

#### Conversion de formats de fichier

- OpenBabel
  Open Babel est une boîte à outils conçue pour parler les nombreux langages de données chimiques. C'est un projet ouvert et collaboratif permettant à chacun de rechercher, convertir, analyser, ou enregistrer des données de modélisation moléculaire, de chimie, de physique des matériaux, de biochimie, et d'autres domaines.

- Pymatgen
  Pymatgen (Python Materials Genomics) est une bibliothèque robuste et Open Source, écrite en Python, pour convertir et analyser des fichiers de données atomiques.

#### Créer et transformer des systèmes atomiques

- Aten
  Aten est un outil pour créer, éditer, et visualiser des coordonnées atomiques.

- AtomMan
  AtomMan: the Atomistic Manipulation Toolkit est une bibliothèque Python pour interagir avec les systèmes atomiques à grande échelle. Son but est de faciliter la conception de systèmes atomiques et de simulations qui soient pleinement documentées et facilement adaptables à d'autres potentiels, arrangements atomiques, etc.

- ASE (Atomic Simulation Environment)
  ASE fournit des modules Python pour manipuler des atomes, analyser des simulations, visualiser, etc.

- Avogadro
  Avogadro est un outil avancé d'édition et de visualisation de molécules, multi-plateformes et conçu pour être utilisé en chimie, modélisation moléculaire, bio-informatique, science des matériaux, et thématiques associées.

- Babel
  Un programme Fortran pour insérer des dislocations pour des simulations à l'échelle atomique, calculer leur énergie, extraire leur tenseur de Nye, et bien plus encore...

- CIF2CELL
  CIF2Cell est un outil pour générer des configurations atomiques pour divers codes de calcul de structure électronique à partir de fichiers CIF (Crystallographic Information Framework).

- Moltemplate
  Moltemplate est un constructeur moléculaire en mode texte multi-plateformes pour LAMMPS. Il est typiquement utilisé pour construire des modèles moléculaires ou granulaires.

- nanoSCULPT
  NanoSCULPT est un outil et une méthodologie pour générer des structures complexes et réalistes pour les simulations à l'échelle atomique.

- Packmol
  Packmol crée un point de départ pour les simulations en dynamique moléculaire en compactant les molécules dans des régions définies de l'espace. Ce compactage garantit que les interactions répulsives à courte distance n'empêchent de démarrer la simulation.

- Pizza.py Toolkit
  Pizza.py est un ensemble d'outils permettant la préparation et l'analyse de données pour les programmes LAMMPS, ChemCell, et SPPARKS.

- PolyPal
  PolyPal est un programme pour générer une structure polycristalline à l'échelle micrométrique de façon massivement parallèle.

- TopoTools
  TopoTools est un plugin de VMD pour manipuler des informations topologiques.

#### Visualisation, Analyse

- AtomEye
  AtomEye permet de visualiser des configurations atomiques.

- AViz (Atomistic Simulation Vizualization software)

- ddplot
  Ddplot représente les dislocations dans les cristaux grâce à la méthode des cartes de déplacements relatifs.

- gdis
  GDIS est un programme de visualisation scientifique pour l'affichage, la manipulation, et l'analyse de molécules isolées et de structures périodiques.

- Jmol
  Jmol est un outil de visualisation de molécules gratuit, open source pour les étudiants, les éducateurs et les chercheurs en chimie et en biochimie.

- Open RasMol
  Open RasMol est un programme de visualisation moléculaire conçu pour la visualisation de protéines, acides nucléiques et petites molécules.

- OVITO (Open VIsualization TOol)
  OVITO est un logiciel scientifique de visualisation et d'analyse de données de simulations atomistiques.

- VESTA (Visualization for Electronic and STructure Analysis)
  VESTA est un programme de visualisation en 3D de modèles structuraux, de données volumétriques telles que les densités électroniques/nucléaires, et la morphologie des cristaux.

- VMD (Visual Molecular Dynamics)
  VMD est un programme de visualisation, d'animation, et d'analyse de grandes molécules biologiques.

- XCrySDen (X-window CRYstalline Structures and DENsities)
  XCrySDen est un programme de visualisation de structures cristallines et moléculaires, spécialisé dans l'affichage d'isosurfaces et contours, qui peuvent être superposés sur la structure crystallines.

- XMol
  XMol est un utilitaire pour créer et visualiser des molécules.

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