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## Mode : interpolate

#### Syntaxe

`atomsk --interpolate <fichier1> <fichier2> <N> [<fichiersortie>] [formats] [options]`

#### Description

Ce mode construit une chaîne de <N> configurations par interpolation linéaire des positions atomiques entre les configurations données par le <fichier1> et le <fichier2>. Le nombre <N> donne le nombre de configurations générées entre les états initial et final. Les vecteurs de boîte sont aussi interpolés.

Les deux fichiers donnés doivent contenir exactement le même nombre de particules, et devraient correspondre au même type de système (i.e. vecteurs de boîte similaires, mêmes types d'atomes, etc.) pour que l'interpolation ait du sens. Les deux fichiers peuvent être dans des formats différents, tant que ces formats font partie de ceux supportés par Atomsk.

Si les systèmes initial et final contiennent des coquilles (dans le sens d'un modèle ionique de type cœur-coquille) alors les positions des coquilles seront aussi interpolées. Si seulement l'un des fichiers contient des coquilles mais pas l'autre, alors les coquilles seront ignorées et n'apparaîtront pas dans les images interpolées.

Si les systèmes initial et final contiennent des propriétés auxiliaires, alors les propriétés qui se correspondent (c'est-à-dire celles qui portent le même nom dans les systèmes initial et final) seront aussi interpolées. Les propriétés qui n'existent que dans un seul système (initial ou final mais pas les deux) seront ignorées.

Si ce mode est utilisé avec une ou plusieurs options, alors ces options s'appliqueront à chacune des configurations interpolées.

Ce mode produit <N>+2 fichiers de sortie, numérotés de 0 jusqu'à <N>+1. La configuration 0 correspond à l'état initial, la configuration numéro <N>+1 à l'état final, de telle sorte que les configurations intermédiaires sont numérotées de 1 à <N>.

Notez que les images interpolées peuvent ne pas correspondre à un état stable, ni même à un état physique, du système. Une telle chaîne de configurations peut être utilisée, par exemple, comme point de départ pour la méthode Nudged Elastic Band (NEB), ou encore pour produire une animation entre deux états.

#### Exemples

- `atomsk --interpolate initial.xsf final.xsf 7 chaine cfg`

  Ceci va construire 7 configurations par interpolation entre `initial.xsf` et `final.xsf`. Les configurations finales seront écrites dans les fichiers `chaine_img0.cfg`, `chaine_img1.cfg`, jusqu'à `chaine_img8.cfg`.

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