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## Mode : merge

#### Syntaxe

`atomsk --merge [stack <x|y|z>] [scale <x|y|z|xy|xz|yz|xyz>] <N> <fichier1>...<fichierN> <fichiersortie> [<formats>] [options]`

#### Description

Ce mode permet de joindre plusieurs systèmes en un seul, soit en réunissant les atomes des différents systèmes dans la même boîte, soit en juxtaposant les systèmes suivant une direction donnée. Le résultat est écrit dans le <fichiersortie>, aux <formats> donnés.

L'entier <N> indique combien de systèmes seront joints. Il est obligatoire, et doit être suivi du bon nombre de fichiers d'entrée, de <fichier1> à <fichierN>.

Le mot-clé "stack" est optionnel. Il peut être utilisé pour indiquer la direction cartésienne (x, y ou z) suivant laquelle les systèmes seront empilés. Suivant cette direction, la boîte finale aura une taille égale à la somme des tailles de tous les systèmes empilés. Si ce mot-clé est omis, alors tous les atomes sont réunis dans la même boîte, celle du premier système de la liste (c'est-à-dire du <fichier1>).

Le mot-clé "scale" est aussi optionnel. S'il est utilisé, alors les systèmes sont déformés le long de la ou de direction(s) donnée(s), de façon à égaler les dimensions du premier système. La direction donnée peut être : 'x', 'y', 'z' (les systèmes sont déformés seulement dans une direction), 'xy', 'xz', 'yz' (les systèmes sont déformés suivant les deux directions données), ou 'xyz' (les systèmes sont déformés pour atteindre la même taille que le premier système dans les trois dimensions de l'espace).

Attention : Atomsk n'ajuste pas les positions atomiques, et ne trouve pas "automagiquement" les interfaces optimales ni quoi que ce soit de ce genre. Il appartient à l'utilisateur de vérifier les orientations cristallographiques et les géométries de ses systèmes avant de les joindre. Pour rapidement redéfinir les vecteurs de boîte après avoir joint des systèmes il est possible d'utiliser l'option `-rebox`.

Les propriétés auxiliaires sont conservées lorsque plusieurs systèmes sont joints, c-à-d. que chaque atome conserve les propriétés auxiliaires qui sont définies pour lui. Si une propriété est définie dans certains fichiers mais pas tous, alors cette propriété prendra une valeur de zéro pour les atomes pour lesquels elle n'est pas définie.

Si ce mode est employé avec une ou plusieurs options elles seront appliquées au système final, après avoir joint les systèmes individuels.

#### Exemples

- `atomsk --merge 2 aluminium_bas.cfg fer_haut.xsf interface.xyz xsf`

  Ceci réunira les atomes des systèmes contenus dans `aluminium_bas.cfg` et `fer_haut.xsf` dans la même boîte (la boîte définie dans `aluminium_bas.cfg`), et écrira le résultat final dans `interface.xyz` et `interface.xsf`.

- `atomsk --merge stack z 3 un.cfg deux.xsf trois.cfg final.xsf`

  Ceci empilera les systèmes `un.cfg`, `deux.xsf` et `trois.cfg` suivant l'axe Z, et écrira le résultat dans `final.xsf`.

- `atomsk --merge stack x 4 fichier.cfg fichier.cfg fichier.cfg fichier.cfg final.xsf`

  Ceci empilera le système `fichier.cfg` quatre fois suivant l'axe X. Cette opération est équivalent au fait de dupliquer le système quatre fois suivant X (c'est-à-dire "-duplicate 4 1 1").

- `atomsk --merge stack Z scale XY 2 bottom.cfg top.cfg final.xsf`

  Ceci va empiler les systèmes `bottom.cfg` et `top.cfg` suivant Z, et déformera `top.cfg` suivant X et Y pour qu'il ait la même taille que `bottom.cfg`.

- D'autres exemples se trouvent dans le dossier "examples" fourni avec le programme. Le dossier "`Cu_Fe_interface`" contient un script bash qui construit une interface entre deux systèmes : du cuivre cfc et du fer cubique centré.

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