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## Options

Les options sont des opérations qui transforment la configuration atomique, par ex. une rotation, ajouter, supprimer ou déplacer des atomes, etc.

Plusieurs options peuvent être appelées dans une même ligne de commande. Elles seront alors appliquées au système atomique de façon séquentielle, c'est-à-dire l'une après l'autre dans l'ordre où elles sont appelées. Les options peuvent apparaître n'importe où dans la ligne de commande (par ex. avant ou après le fichier d'entrée, avant ou après les formats de sortie), cependant lorsqu'une option est invoquée elle doit être suivie de ses paramètres dans le bon ordre.

Les options s'appliquent à tous les fichiers traités lors d'une exécution du programme. Par exemple, si le mode 'list' est employé, alors les options s'appliqueront à tous les fichiers de la liste. Veuillez vous référer à la page décrivant chaque mode pour savoir comment ils interagissent avec les options.

L'option `-select` est un cas spécial, puisqu'elle peut être utilisée pour restreindre les options suivantes à certains atomes. Veuillez vous référer à la page correspondante pour en savoir plus.

Dans les options utilisant des directions cristallographiques, les indices de Miller doivent être entrés soit en étant contigus, soit séparés par un tiret bas ; les crochets sont optionnels. Par exemple, la direction `[110]` peut être spécifiée par "`[1-10]`", ou "`[1_-1_0]`", ou "`1-10`" (sans guillemets). Notez qu'en aucun cas les indices d'une direction ne doivent être séparés par des espaces. De même, pour les systèmes hexagonaux il est possible d'utiliser la notation à quatre indices [hkil], avec h+k+i=0.

Dans certaines options requérant une position, il est possible de fournir une position cartésienne en angströms, ou une position relative grâce au mot-clé. Consultez cette page pour en savoir plus.

Ci-dessous les options sont listées par ordre alphabétique.

#### Liste des options

- add-atom - Insérer un ou plusieurs nouveaux atomes
- add-shells - Créer des coquilles pour certains atomes
- alignx - Aligner le premier vecteur de boîte avec l'axe X
- bind-shells - Re-associer les nuages électroniques avec leur cœur
- cell - Modifier les vecteurs de boîte
- center - Translater le système au centre de la boîte
- crack - Insérer une fissure dans le système
- cut - Supprimer une partie du système
- deform - Appliquer une déformation uniaxiale ou un cisaillement
- dislocation - Insérer une dislocation dans le système
- disturb - Perturber les positions des atomes aléatoirement
- duplicate - Dupliquer le système, construire des super-cellules
- freeze - Figer les coordonnées de certains atomes
- fractional - Convertir en coordonnées réduites
- mirror - Appliquer une transformation miroir
- options - Appliquer les options écrites dans un fichier
- orient - Changer l'orientation crystallographique
- orthogonal-cell - Trouver une boîte orthogonale équivalente
- properties - Définir des propriétés du système
- rebox - Tente de déterminer les vecteur de boîte
- reduce-cell - Essaye de réduire la taille du système
- remove-atom - Supprimer un ou plusieurs atomes
- remove-doubles - Supprimer les atomes en double
- remove-property - Supprimer une ou plusieurs propriétés auxiliaires
- remove-shells - Supprimer les coquilles sur certains ions
- roll - Plier ou enrouler le système autour d'un axe
- rotate - Tourner le système autour d'un axe
- round-off - Arrondir les coordonnées ou une propriété auxiliaire
- select - Sélectionner les atomes à l'intérieur ou à l'extérieur d'une région
- separate - Sépare les atomes qui sont trop proches
- shift - Translater une partie du système
- sort - Changer l'ordre dans lequel les atomes sont rangés
- spacegroup - Appliquer les symétries d'un groupe d'espace
- stress - Appliquer une contrainte au système
- substitute - Remplacer des atomes par d'autres atomes
- swap - Échanger deux atomes, ou deux axes, ou deux propriétés
- torsion - Appliquer une torsion le long d'un axe
- unit - Changer de système d'unités
- unskew - Réduire le cisaillement de la boîte
- velocity - Générer une distribution de vitesses de Maxwell-Boltzmann
- wrap - Remballer les atomes dans la boîte

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