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## Format : bop

Nom : fichier Bond-Order Potential

Extension : non spécifiée (Atomsk utilise .bop)

Specification : N/A

Programmes de visualisation : aucun

En lisant un fichier au format BOP, Atomsk enregistre l'état de chaque atome (fixé ou libre) comme propriété auxiliaire (les atomes fixes sont considérés immobiles suivant X, Y et Z). Cette propriété n'est transférable que vers certains formats de fichiers (référez-vous à la liste des formats supportés).

Pour écrire un fichier au format BOP Atomsk utilise le format suivant :

`----------------------------------------
A
<H(1,1)> <H(1,2)> <H(1,3)>
<H(2,1)> <H(2,2)> <H(2,3)>
<H(3,1)> <H(3,2)> <H(3,3)>
LEN
1.0 1.0 1.0
LATPAR
1.000
ND
<Nfree>
D
<x1> <y1> <z1> <species1> 0.000
<x2> <y2> <z2> <species2> 0.000
...
<xND> <yND> <zND> <speciesND> 0.000
NINERT <Nfixed>
DINERT
<x1> <y1> <z1> <species1> 0.000
<x2> <y2> <z2> <species2> 0.000
...
<xNINERT> <yNINERT> <zNINERT> <speciesNINERT> 0.000
----------------------------------------
`

Les constantes (après le mot-clé LEN) seront toujours égales à 1, de même que le paramètre de maille (après LATPAR). Les atomes qui sont gelés (tels que définis dans le fichier d'origine ou par l'option `-freeze`) apparaîtront dans la section DINERT.

#### Exemples

- `atomsk mon_systeme.cfg bop`

  Ceci va lire le fichier `mon_systeme.cfg` et va le convertir en `mon_systeme.bop`.

- `atomsk unitcell.xsf -duplicate 20 20 1 -disloc 0.5*BOX 0.5*BOX screw z y 4.2 0.33 -select out box 10 10 -INF BOX-10 BOX-10 INF -fix all above -100 x mon_systeme.bop`

  Ceci va lire `unitcell.xsf`, va l'étendre pour former une super-cellule 20x20x1, puis va insérer une dislocation vis au milieu de la boîte et suivant la direction Z, puis va sélectionner les atomes qui sont proches de moins de 10 Å des bords de la boîte, va fixer les positions de ces atomes, et enfin écrira la configuration finale dans `mon_systeme.bop`.

- `atomsk relax.bop cfg`

  Ceci va lire le fichier `relax.bop` et le convertire en `relax.cfg`, pour être visualisé avec Atomeye.

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